Ponieważ materiały archiwalne przechowuje się wieczyście, bardzo ważną rzeczą jest ich fizyczne zabezpieczenie przez zniszczeniem. Robi się to w trojaki sposób:
1. Działania profilaktyczne, czyli:
- stworzenie archiwaliom odpowiednich warunków przechowywania w zakresie właściwej temperatury i wilgotności w magazynach,
- usuwanie z akt kurzu, stanowiącego pożywkę dla niszczących papier mikroorganizmów,
- natłuszczanie opraw skórzanych,
- umieszczanie akt w opakowaniach bezkwasowych (pudłach, teczkach, kopertach, obwolutach).
2. Konserwacja właściwa najbardziej zniszczonych dokumentów, obejmująca takie czynności jak:
- odkwaszanie papieru,
- czyszczenie mechaniczne akt,
- rozklejanie i prostowanie akt,
- podklejanie kart bibułką japońską,
- uzupełnianie ubytków,
- dublowanie kart,
- przyklejanie marginesów,
- rekonstrukcja oprawy.
3. Digitalizacja
Formą zabezpieczenia materiałów jest sporządzanie ich kopii, które udostępnia się zamiast oryginałów, chroniąc je w ten sposób przed nadmierną eksploatacją. Kiedyś sporządzano kopie papierowe, potem mikrofilmy, a obecnie skany.
Cyfryzacji poddawane są akta najbardziej "chodliwe", czyli stanu cywilnego oraz najstarsze (np. dokumentacja Naczelnika Powiatu Kaliskiego z XIX w.). W 2021 r. największym wyzwaniem na tym polu była digitalizacja ponad 400 kaset SVHS wytworzonych przez Telewizję Centrum w latach 90. XX w.
Skany udostępniane są na ogólnopolskim portalu "Szukaj w Archiwach", a także na platformie Dropbox, a jeżeli występują jakieś ograniczenia prawne (np. ochrona danych osobowych), w pracowni naukowej kaliskiego Archiwum.
Na koniec 2021 r. na "Szukajwarchiwach" było 1 711 297 skanów z zasobu kaliskiego Archiwum, natomiast na Dropboxie 760 718 skanów.